Buku Nusa Jawa: Silang Budaya merangkul keseluruhan sejarah Pulau Jawa menganalisis unsur-unsur kebudayaannya. Penulis merintis sebuah pendekatan yang sangat orisinal-sejenis "geologi budaya" -dengan mengamati berbagai lapisan budaya, mulai dari yang tampak sampai yang terpendam dalam sejarah. Setiap lapisan budaya itu diuraikan sejarah perkembangannya lalu diulas unsur masyarakat yang mengembangkannya. Pembahasan pertama mengenai unsur-unsur budaya modern, yaitu zaman pengaruh Eropa; kedua, unsur budaya yang terbentuk sebagai dampak kedatangan agama islam dan hubungannya dengan dunia Cina; dan ketiga, unsur budaya yang dipengaruhi oleh peradapan India. Bahagian kedua ini mengamati lingkungan masyarakat yang muncul pada abad ke-15. Masyarakat dagang itu menjadi saingan berat bangsa-bangsa Eropa, yang sering kali tidak menyadari kekuatannya. Sumber kajian ini antara lain kesusastraan Melayu untuk peranan agama Islam sebagai pembentuk masyarakat baru serta pendekatan sejarah dan etnografis untuk menilai peranan kaum Cina Peranakan.