Nibiru berkisah tentang sebuah pulau yang tersembunyi dari pandangan kebanyakan penduduk bumi. Pulau tersebut bernama Kedhalu. Pulau Kedhalu terlindungi oleh selubung gaib yang membuatnya menjadi tersembunyi dari penglihatan penduduk bumi yang berada di luar pulau tersebut. Tidak ada orang luar Kedhalu yang memasuki pulau dan begitu juga sebaliknya, tidak ada penduduk Kedhalu yang bisa keluar dari pulau, kecuali pada saat selubung gaib sedang menipis. Dhaca dan tiga orang temannya, Sothap, Nyitha,l dan Muwu adalah gerombolan 4 Pengacau Kecil yang terkenal sering membuat keributan di seantero Kedhalu. Tapi semuanya berubah ketika ada berita akan datangnya Nibiru setelah lama tidak muncul. Nibiru dikabarkan adalah salah satu Raja Dunia yang berbahaya dan dapat membahayakan dunia. Sementara Dhaca dan tiga temannya pun ikut bersiap menghadapi kedatangan Nibiru. Lalu apa yang akan terjadi selanjutnya?