Esantren sebagai subkultur memiliki kekhasan yang telah mengakar serta hidup dan berkembang di tengah masyarakat dalam menjalankan fungsi pendidikan, fungsi dakwah, dan fungsi pemberdayaan masyarakat. Jauh sebelum Indonesia merdeka, pendidikan pesantren sudah lebih dahulu berkembang. Selain menjadi akar budaya bangsa, nilai agama disadari merupakan bagian tidak terpisahkan dalam pendidikan. Untuk menjamin penyelenggaraan pesantren, diperlukan pengaturan untuk memberikan rekognisi, afirmasi, dan fasilitasi kepada pesantren berdasarkan tradisi dan kekhasannya.