Buku Memakmurkan Otonomi merupakan kumpulan opini dan pemikiran Profesor Djo mengenai otonomi daerah yang tersebar di media massa, cetak maupun elektronik, hingga di aneka forum ketika menjadi narasumber, tim ahli, saksi, dan juri di berbagai institusi. Ada tiga perkara penting yang disorotinya, yaitu pertama, berkah dibukanya ruang otonomi setelah Reformasi. Kedua, timbulnya belakangan ini resentralisasi yang melemahkan otonomi. Ketiga, perlunya membangkitkan kembali spirit otonomi melalui perbaikan regulasi. Harapannya, ke depan tata kelola pemda kita kian efektif dan hubungan pusat-daerah tidak lagi seperti main layang-layang, tarik-ulur, tarik-ulur, tapi betul-betul untuk membuat otonomi makmur.